تدرج بالفترة الثانية وحدات تكوين خصوصية في محاور التكوين التالية : العلوم القانونية والسياسية ، العلوم الاقتصادية والتصرف ، التصرف العمومي ووحدات إضافية.
ترتبط وحدات التكوين الخصوصية بطبيعة المهام الموكولة لخريجي المرحلة العليا وتهدف مباشرة إلى التأهيل لممارسة الوظائف التي تقتضيها الخطط الإدارية المخولة لرتبة مستشار للمصالح العمومية أو الرتب المعادلة والخاضعة لأنظمة أساسية أخرى .
تتوزع وحدات التكوين الخصوصية على ميادين التكوين التالية :
- الإدارة العامة وتشتمل بالخصوص وظائف التسيير والتصرف والتمثيل بالخارج.
- الإدارة الاقتصادية والمالية وتشتمل مختلف الوظائف المتعلقة بالمساهمة في تصور استراتيجيات التنمية ووضع السياسات المتعلقة بها وتحديد الوسائل والطرق لمتابعة انجازها وكذلك الوظائف المتعلقة بمجالات التصرف الإداري والمالي وحذق التقنيات المعاصرة المعتمدة في هذا الميدان.
- الرقابة والتفقد والقضاء وتشتمل خاصة المجالات الإدارية والمالية والهيئات الإدارية ذات الصلاحيات القضائية أو التنظيمية في مختلف الميادين والأنشطة.
- الإدارة الجهوية و المحلية والمصالح الخارجية وتشتمل خاصة وظائف التأطير والتصور والتسيير الرامية إلى دعم اللامحورية واللامركزية.
يتم توجيه التلاميذ إلى ميادين التكوين المشار اليها أعلاه في بداية الفترة الثانية وعلى أساس النتائج الجملية التي تحصلوا عليها خلال الفترة الأولى من التكوين ومجالات تكوينهم الجامعي عند الاقتضاء.
ويتم اعلام التلاميذ بعدد الخطط المتوفرة بكل ميدان تكوين خصوصي خمسة عشرة (15) يوما على الأقل قبل تاريخ عملية التوجيه. ويتعين على أن لا يقل عدد التلاميذ عن عشرة (10) بكل ميدان تكوين.
يمكن أن يتضمن برنامج الدراسة بالمرحلة العليا زيارات ميدانية للهياكل الإدارية المختصة أو المؤسسات والمنشآت العمومية أو الخاصة… كما يمكن تنظيم محاضرات أو ندوات علمية أو ملتقيات قصيرة الأمد تكون مواضيعها متصلة ببرنامج الدراسة.
كما تنتظم إدارة المدرسة سلسلة من المحاضرات في إطار كرسي الدراسات تدعى لتأمينها كفاءات عليا من تونس أو من الخارج حول مسائل جوهرية تهم الإدارة التونسية وذات طابع استشرافي أو استراتيجي.
يكون الحضور في الدروس والتربصات المؤمنة في إطار مرحلة التكوين إجباريا بما في ذلك المحاضرات والملتقيات ومختلف الأنشطة التكوينية الأخرى.